小规模纳税人无论是购进农产品还是其他产品，均不可以抵扣的，这就是作为小规模纳税人的弊端，但小规模纳税人缴纳税款的税负较低，这就是优点。
购进农产品如何抵扣进项税？
（一）从一般纳税人处取得专用发票
根据财税[2017]37号文件规定，购进农产品，取得一般纳税人开具的增值税专用发票或海关进口增值税专用缴款书，直接按票上的进项税额抵扣，不需要计算应抵扣的进项税。
例如：某公司从某一般纳税人企业购进小麦一批，对方开了增值税专用发票，金额10万元，税额1万元，此时，该公司直接按正常取得专票认证抵扣，可抵扣进项税为1万元。
（二）从小规模纳税人处取得专用发票
根据规定，购进农产品，从按照简易计税方法依照3%征收率计算缴纳增值税的小规模纳税人取得增值税专用发票的，以增值税专用发票上注明的金额和10%的扣除率计算进项税额。
例如：某公司从某小规模纳税人企业购进小麦一批，取得代开的增值税专用发票，金额10万元，税额0.3万元，此时，该公司能抵扣的进项税=10×10%=1万元，计入原材料金额=10+0.3-1=9.3万元。
从小规模纳税人处购买农产品怎么抵扣增值税
现行《增值税暂行条例》第八条规定：购进农产品，除取得增值税专用发票或者海关进口增值税专用缴款书外，按照农产品收购发票或者销售发票上注明的农产品买价和13%的扣除率计算的进项税额。进项税额计算公式：
进项税额=买价×扣除率
《增值税暂行条例实施细则》第十七条 条例第八条第二款第(三)项所称买价，包括纳税人购进农产品在农产品收购发票或者销售发票上注明的价款和按规定缴纳的烟叶税。
这里的买价，也就是103万，应抵扣税额=103万*13%=13.39万。
(相信你取得的是机打的新版普通发票，上面注明了税额和价税合计的吧，所以你才有此一问。)
注：1、普通发票是不能做为抵扣凭证的。
2、“从小规模纳税人手里购进农产品”这一项特殊规定，是凭取得的普通发票注明价款计算抵扣的，在这里普通发票并不是抵扣凭证，只是票面总金额是计算抵扣的依据。
3、普通发票上的3%(注意这是征收率，除免税规定外农产品税率实际是13%)的增值税额，并不是完整意义上的增值税链条上用于抵扣的一环(因为普通发票不是抵扣凭证)。
4、按照现行政策规定普通发票开具的销售收入是含税收入(注：手工普票上是没有单独的税额栏的)。
因此，农产品凭销售发票计算抵扣，也就是按票面总金额进行计算，所以这里要用103万作为计算抵扣的依据。
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